随着高分辨率质谱仪分析技术的发展，蛋白质质谱鉴定的方法已经相当纯熟，一次性鉴定多个蛋白样品，以及低丰度蛋白样品已经不再是难事。但是因为质谱的灵敏度高，外来引入的蛋白质可能会造成质谱鉴定的假阳性，因此，在蛋白样品的准备过程中要注意避免引入外来蛋白污染物。另外，蛋白样品的准备也需要使用与质谱仪检测兼容的溶液和试剂，这样可以极大提高质谱仪鉴定的准确度。在这期小编就来给大家介绍蛋白质质谱鉴定前的样品准备注意事项。

一、蛋白质样品制备和质谱鉴定流程

蛋白质质谱分析一般流程

蛋白质质谱鉴定的一般流程

1、首先对细胞或组织样品进行破碎，破碎的方法有很多种。大多数细胞可以通过选用常用的细胞裂解试剂，例如RIPA buffer，添加蛋白酶抑制剂和还原剂，来裂解细胞。组织则可以通过低温匀浆，液氮冷冻研磨等方法破碎组织细胞。

2、接着12，000 rpm，4度高速离心10分钟，去除不可溶的细胞组分。

3、液体蛋白样品可以使用抗体进行富集，提纯，以及IP处理，再浓缩待检测的蛋白；也可以使用1D/2D-PAGE gel分离蛋白。

4、浓缩后的液体蛋白经过酶切后，再使用LC-MS/MS分析；蛋白胶样则需要切下与目的蛋白分子量一致的蛋白条带，再对蛋白进行in-gel酶切和质谱检测分析。

5、对质谱鉴定的数据进行分析获得可信度高的蛋白肽段序列，再与蛋白数据库进行比对获得蛋白质ID。

二、样品类型

细胞样品：动物细胞，植物细胞，真菌和细菌等微生物细胞 组织样品：动物组织，植物组织 体液样品：血清、血浆、尿液等

三、样品用量

四、注意事项

1、浓缩样品

蛋白质样品可以用沉淀，膜分离，分离柱，冷冻干燥等各种方式进行浓缩， 用户应根据样品的特点选择合适的方法共列，用SDS样品液可以从色谱样上中洗脱蛋白，从而保持样本体积小。

2、电泳凝胶

对于SDS- PAGE，传统的Laemmli式，三甘氨酸凝胶及其各种改进型的凝胶，如二，三凝胶或三盐酸凝胶， 都可以兼容于蛋白质鉴定。各种凝胶浓度也没有限制。用户选择凝胶的类型和浓度液，应根据对样本的分离效果好来决定。

3、蛋白胶染色

• Coomassie Blue, SYPRO Ruby 以及Silver stain样品均可进行蛋白的鉴定试验；

• 银染的样品有可能与后续的质谱分析不兼容，我们推荐您使用下面的产品或者实验步骤进行银染实验： ProteoSilver Plus, Sigma (Product # PROTSIL1 or PROTSIL2) Dodeca Silver Stain, BioRad (Product # 161-0481 or 161-0480)

• 另外，银染的样品请不要进行脱色处理

4、液体样品

样品准备过程中尽量减少SDS等表面活性剂的使用，并注意降低盐浓度。如果您提交IP洗脱样品，我们推荐使用HPH EB (0.5 M NH4OH, 0.5 mM EDTA) 缓冲体系进行last step蛋白的洗脱，保证洗脱缓冲体系与后续的质谱实验兼容。

5、切割蛋白带

凝胶在切割过程中应避免与手，灯箱， 或任何其他可能的角蛋白污染源直接接触。在切割蛋白胶带适应尽量避免割下空白凝胶（它可能会降低酶切的消化效率和多肽的回收率）。 将每个凝胶带置于干净的，1.5毫升的微型离心管并给每个样本小心地做上标签。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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